如果小茂前往神奥地区，那么小智也不会落后。立志要拿下神奥联盟，小智和皮卡丘在神奥地区遇见小刚。 2位训练家马上遇到第3位训练家小光。小光是一位新手宝可梦协调训练家，决定要跟随妈妈的脚步。小智跟小光都在各自的道路上奋斗，但他们都很容易交到新朋友，像获得草苗龟和波加曼等新宝可梦。