以成为宝可梦大师为目标的小智和伙伴们继续着修行之旅，某日他们收到了一封邀请函。而这实际上是超梦谋划的一个陷阱。浑然不知的小智一行人在狂风暴雨中穿越大海前往一座小岛，而在那里等待着他们的，正是最强的宝可梦“超梦”。它想要利用原生的宝可梦来创造出更为强大的存在，展开对人类的报复。 

在小智一行人被超梦那深不见底的实力所击败而陷入绝境之时，幻之宝可梦“梦幻”出现了。于是，围绕着梦幻和超梦的宝可梦史上最激烈、最震撼的对战一触即发。