小智一行人在橘子群岛展开旅行。这时，谜一般的收藏家吉尔露太现身并捕捉了被称为火之神的“特别的火焰鸟”。由此，自然界的平衡遭到破坏，全球范围内开始出现灾难性的天气。小智一行人能否拯救这个世界……以及随后出现的幻之宝可梦“洛奇亚”又究竟是敌还是友呢？！