在旅行途中，小智一行人邂逅了宝可梦训练家小凌，为了让疲于对战的宝可梦们得到好好休息，他们来到了距离最近的宝可梦中心所在的某个小镇。小镇名为“绿色草原”，本来是一片满眼绿色，能让心灵得到平静的休养胜地，然而……

小美是一名在绿色草原的大别墅中独自生活的孤单少女。某天夜里，她排列起父亲失踪前所留下的刻有不可思议文字的卡板，召唤出了谜之宝可梦“未知图腾”。

之后，结晶逐渐覆盖了周围一带。正当小智一行人为突然发生的结晶化现象而震惊的同时，传说的宝可梦“炎帝”出现在了他们面前，并将小智的妈妈带去了结晶塔！
小智一行人能否顺利救出妈妈呢？这将是一场描绘了爱和勇气，以及亲子之情的震撼人心的宝可梦冒险！