水之都“奥多马雷”被誉为世界上最美丽的城市。在这里，小智遇见了拥有神奇招式的宝可梦，拉帝亚斯和拉帝欧斯。其中，拉帝欧斯是哥哥，拉帝亚斯是妹妹，它们彼此感情深厚，共同守护着城市的宝物“心之水滴”。
而怪盗姐妹桑娜和莉安则盯上了这件宝物。她们引发的骚乱将小智和皮卡丘等人也牵扯了进来。在隐藏的封印被解开之时，城市即将被大海啸所淹没。为了夺回“心之水滴”，小智和皮卡丘在城市中奋力周旋！