在罗塔市流传着一个“波导传说”，传闻在数百年前，“波导的勇者 亚朗”曾借助“世界初始之树”的力量制止了世界的纷争。为了称颂他，罗塔市每年都会举办庆典。小智一行人也来到了这座城镇，并参加了争夺这一年勇者人选的宝可梦对战。一番激烈对决之后小智取得最终胜利，成为了这一年的“波导的勇者”，将亚朗的手杖握在了手中。这时，勇者之杖上的石饰突然发出光芒，“路卡利欧”自数百年的封印中脱身并出现在众人眼前。其后，小智一行人为了寻找被梦幻带走的皮卡丘，和路卡利欧一起踏上了前往“世界初始之树”的旅途。