小智是一个生活在真新镇的少年，这一天他迎来了自己的10岁生日，拥有了成为宝可梦训练家的资格。
但由于睡过了头，本该在大木研究所收获伙伴宝可梦的他在匆匆赶到后，那里只剩下一只与人难以亲近的宝可梦皮卡丘。
小智和皮卡丘之间虽然冲突频频，但友情也在不断升温。在启程的这一天，他们看到了传说的宝可梦凤王于天边飞过，于是约定“总有一天，我们要去会会那家伙”。
为了成为世界第一的宝可梦大师，小智和皮卡丘开始了旅行，在途中他们遇到了宝可梦训练家“诚子”和“宗次”，并听到了一段与凤王有关的传闻，“在虹色之羽的引导下，见到凤王的人，会成为彩虹勇士”。
神秘的宝可梦玛夏多不知何时潜入了小智的影子里，在它的引导下，小智一行人来到了凤王栖息的地方天青山，此时一名强敌出现在他们面前。
究竟他们最后能否见到凤王呢？
为了完成启程之日所作下的约定，如今，小智和皮卡丘展开冒险，直至成为“真正的伙伴”！