被称为是所有宝可梦的“起源”的幻之宝可梦——梦幻，由人类从它的化石中制造出的传说的宝可梦——超梦。一直被当做最强兵器反复进行实验的超梦，决意发起它的逆袭。而立志成为宝可梦大师的小智和他的伙伴皮卡丘，则来到了宝可梦城，在那里遭遇了超梦。最强的宝可梦超梦制造出宝可梦的复制体，与本体的宝可梦们展开了激烈的对战。